Το ζήτημα αυτό είχε απασχολήσει μελετητές και ταξιδιώτες ήδη από την Αρχαιότητα.
Ο Παυσανίας, περιηγητής στην Ελλάδα των ρωμαϊκών χρόνων, ταύτισε μία σπηλιά στις πλαγιές της μεσαιωνικής ακρόπολης του Ναβαρίνου με την τοποθεσία όπου ο πατέρας του Νέστορα σταύλιζε τα βόδια του (εικ.934).
Μιάμιση χιλιετία αργότερα, το 1829, και μόλις η Ελλάδα είχε κερδίσει την ανεξαρτησία της από τους Τούρκους, μέλη της γαλλικής αποστολής Expédition Scientifique de Morée, αναζήτησε το ανάκτορο του Νέστορος όχι πολύ μακριά, κοντά στο χωριό Πύλα.
Αργότερα, στη δεκαετία του 1880, ο Heinrich Schliemann διενήργησε ανασκαφές στο μεσαιωνικό κάστρο του Ναβαρίνου, αναζητώντας προϊστορικά λείψανα παρόμοια με εκείνα που είχε ήδη ανακαλύψει στις Μυκήνες, την έδρα του Αγαμέμνονα.
Άλλοι πραγματοποίησαν έρευνες πολύ μακρύτερα, μέχρι και αρκετά χιλιόμετρα βορειότερα, στην Ηλεία (εικ.855), σε άκαρπες προσπάθειες να ανακαλύψουν το μυθικό ανάκτορο του Νέστορα. Κατά την αρχαιότητα και μέχρι πρόσφατα, η θέση και το όνομα Πύλος που τη συνόδευε άλλαξαν πολλούς τόπους.
Στις αρχές του 20ου αιώνα εντοπίστηκαν προϊστορικά ερείπια σε ένα ελαιόφυτο ύψωμα κατά μήκος της κορυφογραμμής του Εγκλιανού, που δεσπόζει πάνω από τον κόλπο του Ναβαρίνου. Ακολουθώντας την κορυφογραμμή αυτή ανατολικά, ο ταξιδιώτης οδηγείται στην Πεδιάδα του Πάμισου ποταμού, κοντά στην πόλη της Καλαμάτας.
Δόθηκε, τότε, αναφορά για τα ευρήματα στο Υπουργείο Παιδείας και αυτά έτυχαν της προσοχής του Κωνσταντίνου Κουρουνιώτη, ο οποίος με τη σειρά του τα συζήτησε με τον φίλο του Carl W. Blegen (εικ.985).
Ήδη από το 1929 είχε υπάρξει πρόταση για κοινή ανασκαφή, αλλά ο C. Blegen επρόκειτο να ασχοληθεί με την ανασκαφή στην Τροία, έτσι αυτή η συνεργασία μπόρεσε να πραγματοποιηθεί μόλις το 1939.
Από την πρώτη κιόλας μέρα των ανασκαφών στον Επάνω Εγκλιανό ο C. Blegen και οι συνεργάτες του (στην ομάδα μετείχε ο William A. McDonald, ο οποίος τη δεκαετία του 1960 θα διηύθυνε στη Μεσσηνία ερευνητικό-αρχαιολογικό πρόγραμμα από το Πανεπιστήμιο της Minnesota), αποκάλυψαν τμήμα των αρχείων του μυκηναϊκού ανακτόρου, που χρονολογήθηκε περί το -1180 , φέρνοντας στο φως το πρώτο μεγάλο σύνολο πήλινων πινακίδων με κείμενα Γραμμικής Β γραφής που βρέθηκε στην ηπειρωτική Ελλάδα (εικ.40, 986).
Τα Κείμενα αυτά αποτυπώνουν ένα πολύπλοκο κοινωνικό και οικονομικό σύστημα, επικεφαλής του οποίου ήταν ο άναξ (βασιλιάς), που οργάνωνε και ήλεγχε τη γεωργική και τη βιοτεχνική παραγωγή σε μία έκταση περίπου 2.000 τετρ. χλμ. στη νοτιοδυτική Πελοπόννησο. Ορισμένοι οικονομικοί πόροι είχαν διατεθεί προς όφελος της διορισμένης ανώτερης τάξης, τους «συλλογείς», ενώ σε άλλους πόρους επιβαλλόταν άμεση φορολογία προς όφελος της ανακτορικής διοίκησης. Ο άναξ συντηρούσε εργατικό δυναμικό αποτελούμενο από διάφορες κατηγορίες εξαρτώμενων εργατών, ανάμεσά τους και δούλοι. Ο ίδιος διόριζε αξιωματούχους, οργάνωνε συμπόσια και γενικά έπαιζε σημαντικό ρόλο στα θρησκευτικά δρώμενα.
Το βασίλειο ήταν χωρισμένο στις επαρχίες Δεύρο και Πέρα, η δεύτερη πιθανόν στην πεδιάδα της Καλαμάτας, η πρώτη γύρω από το ανάκτορο και προς τα δυτικά. Στις δύο επαρχίες υπήρχαν συνολικά 16 περιφέρειες και επικεφαλής στην κάθε μία ήταν ο κυβερνήτης και ο αντι-κυβερνήτης, οι οποίοι αναφέρονταν στο κέντρο της Πύλου. Οι πινακίδες καταγράφουν, επίσης, συμπόσια που περιελάμβαναν θυσίες, όπως και προσφορές προς τους θεούς πολλοί από τους οποίους λατρεύονταν και στην Ελλάδα των ιστορικών χρόνων (π.χ. Δίας, Ποσειδών, Ήρα, Άρης, Διόνυσος).
Όλα τα αρχεία χρονολογούνται στον τελευταίο χρόνο ζωής του ανακτόρου και καμία πινακίδα πηλού δεν προοριζόταν να ψηθεί, άρα να αποτελέσει τμήμα ενός μόνιμου αρχείου.
Τα αρχεία που διασώθηκαν δεν περιλαμβάνουν νομικά, λογοτεχνικά ή διπλωματικά κείμενα ακόμη και επιστολές απουσιάζουν εντελώς. Τέτοια κείμενα, που θα μπορούσαν να έχουν αξία πέραν του τρέχοντος έτους, πιθανόν να είχαν καταγραφεί σε φθαρτό υλικό, όπως περγαμηνή ή πάπυρο, το οποίο καταστράφηκε πολύ πριν τις πυρκαγιές, που κατά ειρωνεία της τύχης διατήρησαν τα πήλινα αντίστοιχά τους. Στις πινακίδες αναγνωρίστηκαν λίγες δεκάδες γραφικών χαρακτήρων (χέρια γραφέων), έτσι είναι σαφές ότι γραφή και ανάγνωση γνώριζε μικρό μόνο μέρος του πληθυσμού.
Τα ανακτορικά κτίσματα και τα αρχεία που αποκαλύφθηκαν από τον C. Blegen, ήδη Κατά την πρώτη ημέρα των ανασκαφών, είχαν υποστεί πλήρη καταστροφή στην αυγή του -12ου αι., πιθανόν γύρω στο -1180, από τρομακτική πυρκαγιά. Αυτή, βέβαια, είναι και η παραδοσιακή χρονολογία των αρχαίων πηγών για τον Τρωικό πόλεμο.
Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο ο C. Blegen, συνέχισε δυναμικά τις έρευνές του, σε συνεργασία με την αρχιτέκτονα Marion Rawson (εικ.984).
Οι ανασκαφές των ετών 1952-71 συμπληρώθηκαν από τις επιφανειακές έρευνες του 1992-94 (επίσης του Πανεπιστημίου Cincinnati), και κατέγραψαν τη μακρά κατοίκηση του Εγκλιανού -η οποία φτάνει έως μία χιλιετία πίσω ή και παραπάνω πριν το ανάκτορο οικοδομηθεί στην τελική και πλήρη του μορφή.
Η υποδειγματική δημοσίευση της ανασκαφής επικεντρώθηκε στο ανάκτορο του -13ου αι. Και στα ευρήματα, καθώς και στα νεκροταφεία που συνδέονται με αυτό.
Η επανεξέταση της παλαιάς ανασκαφής, σήμερα, τεκμηριώνει καλύτερα την εξέλιξη του οικισμού στον λόφο του Εγκλιανού και τις επαφές των κατοίκων του με τον ευρύτερο αιγαιακό κόσμο, ενώ σύντομα θα ακολουθήσει η πλήρης δημοσίευση των Πινακίδων της Γραμμικής Β γραφής.
Τα πρωιμότερα ευρήματα δεν συνδέονται με αρχιτεκτονικά κατάλοιπα. Θραύσματα αγγείων της Πρωτοελλαδικής ΙΙ περιόδου (περίπου -2600), μαζί με βάσεις μικρών αγγείων που είχαν διατρηθεί και ξαναχρησιμοποιηθεί ως σφονδύλια, ακόμη και ένα τμήμα κυκλαδικού λίθινου αγγείου με ανάγλυφες σπείρες, βρέθηκαν σε αρχαιολογικά στρώματα υστερότερης περιόδου.
Τα πρώτα εκτενή οικιστικά κατάλοιπα χρονολογούνται στη μετάβαση από την Πρώιμη στη Μέση Εποχή του Χαλκού, γύρω στο -2000. Αυτά τεκμηριώθηκαν λεπτομερώς κατά τη διάρκεια μικρής κλίμακας ανασκαφής που διενήργησε ο λόρδος William Taylour (γνωστότερος για τις έρευνές του στο θρησκευτικό κέντρο των Μυκηνών), όπου βρέθηκαν τμήματα δύο επάλληλων αψιδωτών κτηρίων.
Σήμερα είναι γνωστό ότι οικίες της ίδιας περιόδου υπήρξαν και αλλού στη λοφοσειρά του Εγκλιανού, ακόμη και κάτω από τα ανακτορικά κτίσματα, Και όλα δείχνουν πως στην αρχή της -2ης χιλιετίας στην περιοχή πιθανόν συνυπήρχαν πολλές ανεξάρτητες, αλλά συνδεόμενες μικρές αγροικίες.
Κατάλοιπα της προχωρημένης Μεσοελλαδικής Περιόδου (περίπου -1700) διατηρήθηκαν σχεδόν παντού όπου οι ανασκαφές έφθασαν σε μεγάλο βάθος, καθιστώντας σαφές ότι, όπως δείχνουν και τα πορίσματα των επιφανειακών ερευνών, ήδη από την αρχή της Ύστερης εποχής του Χαλκού (περίπου -1600) ο οικισμός στον Εγκλιανό ήταν αρκετά εκτεταμένος.
Όπως και σε άλλες θέσεις της Αργολίδας (π.χ. Λέρνα), λεπτότεχνα αγγεία της μινωικής Κρήτης έφθασαν στον λόφο του Εγκλιανού ως εισαγωγές ή ως μιμήσεις, τουλάχιστον από την περίοδο των πρώτων ανακτόρων της Κνωσού (περί το -1900).
Ήδη από την αρχή της Ύστερης Εποχής του Χαλκού σημειώνεται βαθιά επίδραση από τη Κρήτη (εικ.988).
Μία από τις πιο καίριες μινωικές συμβολές σημειώθηκε στην αρχιτεκτονική του οικισμού, όταν χρησιμοποιήθηκε για πρώτη φορά το ισόδομο σύστημα πελεκητών λιθοπλίνθων, πιθανότατα για να επενδυθούν οι προσόψεις σημαντικών κτισμάτων του οικισμού. (εικ.989) Ισόδομη τοιχοποιία χρησιμοποιήθηκε επίσης την ίδια περίοδο για την πρόσοψη του θολωτού τάφου της Περιστεριάς Τριφυλίας (εικ.909), σε απόσταση 60 χλμ. βόρεια του ανακτόρου του Εγκλιανού, όπου σε δύο λιθόπλινθους έχουν χαραχθεί "τεκτονικά σημεία", όμοια με εκείνα που απαντούν στο ανάκτορο της Κνωσού.
Από το -1600 (πρώιμη Μυκηναϊκή περίοδος) υπάρχουν αποδείξεις για έντονη και συνεχή οικοδομική δραστηριότητα.
Δάπεδα επιχρισμένα με ασβεστοκονίαμα, λίθινες βάσεις κιόνων και τοίχοι με ορθοστάτες κάνουν την εμφάνισή τους, και έως το -1500 δύο ή τρία Κτήρια μνημειώδους χαρακτήρα έχουν αναγερθεί στην ακρόπολη -όλα με ισόδομες προσόψεις από πελεκητούς λίθους.
Το μεγαλύτερο κτήριο Α, στο νοτιοδυτικό φρύδι της ακρόπολης, διέθετε ισχυρή λίθινη πρόσοψη.
Το κτήριο Β και το κτήριο Γ βρίσκονταν στα βορειοανατολικά, στη θέση του μεταγενέστερου κεντρικού κτηρίου του ανακτόρου, δεν είναι σαφές, όμως, εάν αυτά ήταν ανεξάρτητα ή αποτελούσαν πτέρυγες του ίδιου συγκροτήματος.
Ο κενός χώρος μεταξύ των τριών κτηρίων πιθανόν σχημάτιζε ευρύχωρη αυλή με διάταξη ανάλογη με εκείνη των Κρητικών ανακτόρων.
Το Παλαιότερο αυτό «ανάκτορο» διατηρείται ελάχιστα και δεν μπορούμε να προσδιορίσουμε τις δραστηριότητες που εξυπηρετούσε.
Είναι σχεδόν βέβαιο ότι οι δραστηριότητες αυτές προδιαγράφουν τις διοικητικές λειτουργίες του μεταγενέστερου ανακτόρου, ωστόσο για την εποχή αυτή δεν υπάρχουν ενδείξεις ανάλογης γραφειοκρατίας. Τα πρωιμότερα κείμενα που διαθέτουμε είναι εκείνα των πινακίδων Γραμμικής Β γραφής που αποκαλύφθηκαν στα χαλάσματα του δωματίου με το Αρχείο, από τον ορίζοντα της τελευταίας καταστροφής του ανακτόρου. Η ίδια η Γραμμική Β γραφή, ωστόσο, είναι η κληρονομιά των επαφών της Κρήτης με την ηπειρωτική Ελλάδα και ήταν σε χρήση ήδη από τον -14ο αι. στις Μυκήνες, αλλά στην Κνωσό ακόμη παλαιότερα.
Κατά την περίοδο των λακκοειδών τάφων των Μυκηνών (μετάβαση από τον -17ο στον -16ο αι.), στη δυτική Μεσσηνία σημειώνεται εντυπωσιακή ανάπτυξη στην οικοδόμηση θολωτών τάφων. Κατά τη Μεσοελλαδική περίοδο χαμηλά εξάρματα γης (τύμβοι) χρησιμοποιήθηκαν συχνά ως τάφοι. Ο τύμβος διέθετε ένα κεντρικό τάφο -λάκκο ή κιβωτιόσχημο-, που στη συνέχεια καλυπτόταν με χώμα και πέτρες, σταδιακά όμως γύρω από την περιφέρειά του άρχισαν να πραγματοποιούνται περισσότερες ταφές. Σε μία τουλάχιστον περίπτωση, ο νεκρός είχε ταφεί μέσα σε μεγάλο αποθηκευτικό αγγείο ή πίθο, το στόμιο του οποίου ήταν στραμμένο στην περιφέρεια του τύμβου. Το χείλος του πίθου πλαισίωναν τρεις λίθινες πλάκες, τοποθετημένες κατά τρόπο που να σχηματίζουν διαμορφωμένη θύρα εισόδου στον τάφο (εικ.896, 937). Σύμφωνα, μάλιστα, με ορισμένους μελετητές, οι τύμβοι μεταφές τέτοιου τύπου ενέπνευσαν τη γένεση του θολωτού τάφου (εικ.33, 894, 898, 899,900, 932, 936, 938). Είναι σχεδόν βέβαιο ότι οι δραστηριότητες αυτές προδιαγράφουν τις διοικητικές λειτουργίες του μεταγενέστερου ανακτόρου, ωστόσο για την εποχή αυτή δεν υπάρχουν ενδείξεις ανάλογης γραφειοκρατίας. Τα πρωιμότερα κείμενα που διαθέτουμε είναι εκείνα των πινακίδων Γραμμικής Β γραφής που αποκαλύφθηκαν στα χαλάσματα του δωματίου με το Αρχείο, από τον ορίζοντα της τελευταίας καταστροφής του ανακτόρου. Η ίδια η Γραμμική Β γραφή, ωστόσο, είναι η κληρονομιά των επαφών της Κρήτης με την ηπειρωτική Ελλάδα και ήταν σε χρήση ήδη από τον -14ο αι. στις Μυκήνες, αλλά στην Κνωσό ακόμη παλαιότερα.
Ο πρώτος πραγματικός θολωτός τάφος που σώζεται ακέραιος στη Μεσσηνία δεν είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακός και χρονολογείται στην τελική φάση της Μεσοελλαδικής Περιόδου. Βρίσκεται λίγα μόνο χιλιόμετρα μακριά από το ανάκτορο του Εγκλιανού, κοντά στο χωριό Κορυφάσιο, και σκάφτηκε, όχι στις παρειές κάποιου λόφου, αλλά στο επίπεδο έδαφος. Τα τοιχώματα του τάφου είναι κατασκευασμένα από μικρούς, ανεπεξέργαστους λίθους, αντί για την εντυπωσιακή ισόδομη τοιχοποιία που χρησιμοποιήθηκε σε αντίστοιχους θολωτούς τάφους της πρώιμης μυκηναϊκής περιόδου. Μέχρι το τέλος του -15ου αι., μόνο οι τάφοι που συνδέονται με το ανάκτορο του Εγκλιανού χρησιμοποιούνταν συστηματικά στη δυτική Μεσσηνία.
Πιθανόν, η εγκατάλειψή τους στην υπόλοιπη περιοχή να αντανακλά την αύξηση της πολιτικής ισχύος του ανακτόρου του Εγκλιανού, και το δικαίωμα να ταφεί κανείς μέσα σε ένα τέτοιον τάφο να αποτέλεσε προνόμιο της άρχουσας τάξης που αναπτύχθηκε γύρω από αυτό. Κατά τον -16ο και -15ο αι. αναγείρονται στον λόφο του Εγκλιανού τρεις θολωτοί τάφοι: ο πρώτος (θολωτός ΙV) Κατασκευάστηκε στην πλευρά χαμηλού λόφου δίπλα ακριβώς από τον χώρο στάθμευσης των επισκεπτών του ανακτόρου. Ο δρόμος που οδηγεί μέσα σε αυτόν δείχνει να έχει σκόπιμα ευθυγραμμιστεί με τη μνημειώδη πύλη του οχυρωματικού τείχους, που περίκλειε την ακρόπολη κατά την πρώιμη μυκηναϊκή περίοδο. Είναι σαφές ότι ο τάφος ιδρύθηκε σκόπιμα σε αυτό το σημείο, προκειμένου, κάθε φορά που άνοιγε για να δεχθεί νέα ταφή, να αποτελεί ορατή υπενθύμιση της κραταιάς δυναστείας που διοικούσε την Πύλο. Σε ίση απόσταση (περίπου 200μ.) προς τα νοτιοδυτικά ανασκάφηκε ένας «Ταφικός Κύκλος» (εικ.990-993), επίσης της πρώιμης μυκηναϊκής περιόδου αλλά ελάχιστα πρωιμότερος. Κατά πάσα πιθανότητα πρόκειται για τα διαβρωμένα κατάλοιπα άλλου θολωτού τάφου. Δύο χιλιόμετρα προς τη θάλασσα βρέθηκε ο Θολωτός ΙΙΙ, ο επονομαζόμενος τάφος του Κάτω Εγκλιανού. Η χρήση αυτών των τάφων συνεχίστηκε κατά τη διάρκεια μεγάλου μέρους της Ύστερης Εποχής του Χαλκού.Γύρω στο -1400 τα κτήρια στο ύψωμα του Εγκλιανού καταστράφηκαν από πυρκαγιά, γεγονός που προσέφερε την ευκαιρία για την κατασκευή ενός νέου συγκροτήματος. Αυτό το τελευταίο ανάκτορο αποτελείτο από το κεντρικό κτήριο, το Νοτιοδυτικό κτήριο, το Βορειοανατολικό κτήριο και την Αποθήκη του Οίνου -οικοδομήματα τα οποία έστεκαν μέχρι την καταστροφή του χώρου, περί το -1180 (εικ.1003). Οι τοίχοι του κεντρικού κτηρίου και του Νοτιοδυτικού κτηρίου ήταν εκτενώς διακοσμημένοι με τοιχογραφίες (εικ. 994-997,999, 1001).
Το κεντρικό κτήριο, όπως υπαινίσσεται η ονομασία του, ήταν ο πυρήνας αυτού του νέου συγκροτήματος, που είναι το καλύτερα διατηρημένο και το πληρέστερα ερευνημένο ανάκτορο της μυκηναϊκής Ελλάδας του -13ου αι. Από την ύπαρξη κλιμακοστάσιων συνάγεται ότι το ανάκτορο διέθετε όροφο, μολονότι ελάχιστα στοιχεία του έχουν διατηρηθεί, πέραν των πεσμένων τοιχογραφιών.
Το κεντρικό κτήριο ήταν ορθογώνιο, σε αντίθεση με τα οικοδομήματα που προϋπήρχαν στην ίδια θέση. Τα κεντρικά του δωμάτια ήταν τα επιμελέστερα διακοσμημένα σε ολόκληρο το ανακτορικό συγκρότημα και αποτελούνταν από σειρά χώρων διαρρυθμισμένων κατά τον επιμήκη άξονα, με κατεύθυνση βορειοδυτικά- νοτιοανατολικά: ένα πρόπυλο που εξασφάλιζε την πρόσβαση στα Αρχεία, ένα προαύλιο (εικ.987) και τρία δωμάτια που αποτελούσαν το μέγαρο, στο κέντρο του οποίου υπήρχε η Αίθουσα του Θρόνου για τον άνακτα (ɛIK.1003).
Όποιος ερχόταν στο ανάκτορο από την ακτή, πιθανόν ακολουθούσε την πεδιάδα που έφθανε βόρεια μέχρι τα υψώματα του Εγκλιανού και στη συνέχεια ανηφόριζε προς το ανάκτορο. Έτσι, η πρόσβαση στο κεντρικό κτήριο ελεγχόταν με ασφάλεια. Ο επισκέπτης που έβλεπε πρώτη φορά το ανάκτορο θα εντυπωσιαζόταν από την τοιχογραφική διακόσμηση.
Το εικονογραφικό πρόγραμμα της ίδιας της Αίθουσας του Θρόνου είναι τμηματικά μόνο αποκατεστημένο, αλλά είναι βέβαιο ότι αναδείκνυε τον ρόλο του άνακτα και τη σημασία του (εικ.997).
Οι κίονες πιθανότατα υποστήριζαν υπερυψωμένο φεγγίτη, από τον οποίο ο καπνός της εστίας διέφευγε προς τον ουρανό (εικ.998).
Το δάπεδο του δωματίου ήταν επίσης επιχρισμένο με κονίαμα και χωρισμένο σε ακανόνιστα τετράγωνα, που όλα -εκτός από ένα- διακοσμούνταν με γεωμετρικά μοτίβα. Εκείνο είχε παράσταση χταποδιού και βρισκόταν μπροστά από μία χαμnλή εξέδρα, επιχρισμένη επίσης με κονίαμα, όπου σχεδόν με βεβαιότητα υπήρχε ξύλινος θρόνος.
Στα αριστερά, ένα ρηχό κοίλωμα στο δάπεδο, που επικοινωνούσε με δεύτερο μέσω αβαθούς αύλακας, προοριζόταν να δεχτεί υγρές προσφορές ή σπονδές. Όπως και στο «ανάκτορο του Μίνωα» στην Κνωσό, πίσω από τον θρόνο εικονίζονται αντωποί δύο ζωγραφιστοί γρύπες ως παραστάτες του βασιλιά, σύμβολα του μεγαλείου και της ισχύος του. Σε άλλα σημεία του δωματίου υπήρχαν σκηνές ανδρών, που μάλλον πίνουν στη διάρκεια εορτών, και ενός ραψωδού καθισμένου σε πολύχρωμα βράχια, να παίζει λύρα και να τραγουδάει επικούς μύθους στους συμποσιαζόμενους (εικ.1001).
Άλλα δωμάτια του ανακτόρου λειτουργούσαν ως αποθηκευτικοί χώροι και εργαστήρια ή προορίζονταν για διοικητικές λειτουργίες.
Στα αριστερά από το πρόπυλο της εισόδου, σε συγκρότημα δύο δωματίων που αποτελούσαν το Αρχείο βρέθηκε περίπου το 80% των Πινακίδων Γραμμικής Β που έφεραν στο φως οι ανασκαφές. Τα πήλινα έγγραφα είχαν αποθnκευτεί σε καλάθια και άλλα σκεύη στο εσώτερο τμήμα των δύο δωματίων οι γραφείς συνέτασσαν τα κείμενα στο εξωτερικό δωμάτιο.
Τα υπόλοιπα μέρη του ανακτορικού συγκροτήματος (εικ.1003) ήταν αφιερωμένα στην αποθήκευση και την παραγωγή αγαθών. Στο Κεντρικό Κτήριο βρέθηκαν αποθηκευτικοί χώροι γεμάτοι αγγεία φαγητού και ποτού, με τα περισσότερα από αυτά αχρησιμοποίητα τη στιγμή που καταστράφηκε το ανάκτορο. Πίσω από την Αίθουσα του Θρόνου, χτισμένα σε πάγκους επιχρισμένους με κονίαμα, βρέθηκαν στη θέση τους μεγάλα αποθηκευτικά αγγεία που ήταν γεμάτα με λάδι. Σε ανεξάρτητο οικοδόμημα, ακριβώς στα βόρεια του Κεντρικού Κτηρίου, βρισκόταν η Αποθήκη του Οίνου με σημαντικό αριθμό μεγάλων αποθηκευτικών αγγείων. Στο δάπεδό της βρέθηκαν αποτυπώματα σφραγίδων (σφραγίσματα) σε πηλό, αρκετά από τα οποία έφεραν το ιδεόγραμμα της Γραμμικής Β που δήλωνε το κρασί. Ανατολικά του Κεντρικού Κτηρίου, το Βορειοανατολικό Κτήριο στέγαζε ένα ιερό, Πιθανώς αφιερωμένο σε μία Πότνια (σεβαστή θεά) των Αλόγων (ίσως η «Ιπποπότνια» της Γραμμικής Β), για την οποία οι C. Blegen και Μ. Rawson πίστευαν ότι συνδέεται με κάποιο εργαστήριο που ειδικευόταν κατά βάσιν στην επισκευή αρμάτων. Το πιθανότερο είναι, όμως, ότι το κτήριο αυτό αποτελούσε ένα είδος τελωνείου, από όπου γινόταν η μαζική εισαγωγή των αγαθών στο ανακτορικό συγκρότημα. Μόλις ανεγέρθηκε το Κεντρικό Κτήριο, μια δευτερεύουσα στενή είσοδος στη βορειοανατολική ισόδομη πρόσοψη οδηγούσε σε μικρό δωμάτιο, όπου ένας πήλινος λουτήρας (ασάμινθος) είχε κτιστεί μέσα σε πάγκο, που ήταν επιμελώς επιχρισμένος με ασβεστοκονίαμα (εικ.1000). Εκεί Κοντά και από την εξωτερική πλευρά, μία δεύτερη είσοδος οδηγούσε σε μεγαλοπρεπές συγκρότημα αποτελούμενο από μέγαρο και κεντρική εστία (εικ.1002,1003), παρόμοια με εκείνη της Αίθουσας του Θρόνου. Τους τοίχους διακοσμούσαν γρύπες και λέοντες ή λέαινες (εικ.919, 983) και σε μικρό διπλανό δωμάτιο, στο δάπεδο, ήταν ζωγραφισμένα δελφίνια και χταπόδια. Τα τμήματα αυτά του Κεντρικού Κτηρίου υπήρξαν, οπωσδήποτε, μεγάλης σημασίας κάποτε, αλλά στα τελευταία χρόνια της ζωής του ανακτόρου οι δευτερεύουσες είσοδοι είχαν φραγεί με την κατασκευή δύο αυλών, και αυτοί οι χώροι πιθανόν λειτούργησαν ως βιοτεχνικές ζώνες για την παραγωγή αρωματικών ελαίων.
Στο δάπεδο του Αρχείου, για παράδειγμα, διαπιστώθηκε μεγάλη συγκέντρωση οστών (μηροί και κάτω γνάθοι) από περίπου είκοσι βοοειδή, δίπλα στον αντίστοιχο αριθμό μικρογραφικών κυλίκων. Τα οστά, μέρη του σφαγίου που συνήθος προσφέρονταν στους θεούς, ήταν όλα καμένα σε υψηλές θερμοκρασίες. Πιθανότατα ως προσφορά προς εκείνους. Το κρέας της θυσίας, κατά τα φαινόμενα, μοιραζόταν ακολούθως σε όσους παρευρίσκονταν στο συμπόσιο. Το ανάκτορο ήταν πλήρως εξοπλισμένο για τη διοργάνωση εορτών και συμποσίων και οι καλεσμένοι θα μετείχαν στα δείπνα που οργανώνονταν, ανάλογα με την ταξική τους θέση στην ιεραρχία της ανακτορικής κοινωνίας. Τα μέλη της ανώτατης ιεραρχίας μαζί με τον άνακτα πιθανόν να δειπνούσαν ακόμα και στην Αίθουσα του Θρόνου.
Η οικονομική και πολιτική ισχύς του «Ανακτόρου του Νέστορος» αντικατοπτρίζεται στον πλούτο των γύρω περιοχών. Κοντά στην ακτογραμμή, η ροή του ποταμού που οριοθετεί τα υψώματα του Εγκλιανού στα βορειοδυτικά, εκτιμάται ότι είχε εκτραπεί και ότι δίπλα στην κοίτη του είχε κατασκευαστεί τεχνητή λεκάνη -πιθανότατα λιμάνι ή αγκυροβόλι σύγχρονο με την τελευταία περίοδο ζωής του ανακτόρου. Η ανάλυση της προϊστορικής γύρης που είχε επικαθήσει στην πλατιά λιμνοθάλασσα, βόρεια του κόλπου του Ναβαρίνου, δείχνει ότι την εποχή εκείνη σημειώθηκε πραγματική έκρηξη στην καλλιέργεια ελιάς, γεγονός που ίσως συνδέεται με τη βιομηχανία αρωματικών ελαίων που υποστηριζόταν από το ανάκτορο.
Παρατηρείται, επίσης, αύξηση του αριθμού και του μεγέθους των οικιστικών θέσεων στη γύρω περιοχή: Πολλοί από τους Παλαιότερους οικισμούς μεγάλωσαν σε έκταση και πιθανότατα σε πληθυσμό ορισμένοι, όπως η Ίκλαινα, εμφανίζουν ανακτορικά στοιχεία, όπως η ισόδομη τοιχοποιία (εικ.1004) και οι τοιχογραφίες (εικ.1006, 1007). Θέσεις όπως αυτές πιθανότατα ταυτίζονται με τις πρωτεύουσες των περιφερειών που αναφέρονται στο ανακτορικό αρχείο, επιπλέον, και για πρώτη φορά εμφανίζονται οικισμοί μικρότερου μεγέθους, μίας τρίτης δημογραφικής κατηγορίας δηλαδή, με συνέπεια την πυκνότατη κατοίκηση της περιοχής, που παρόμοιά της θα εμφανιζόταν πάλι πριν από τα χρόνια του Μεγάλου Αλεξάνδρου.
Η καταστροφή που γνώρισε ο Εγκλιανός περί το -1180 ήταν τόσο ολοκληρωτική, ώστε ούτε το ανάκτορο, ούτε οι κάτοικοι επανήλθαν ύστερα από αυτήν (εικ.1002). Οι ακριβείς λόγοι παραμένουν απροσδιόριστοι, ορισμένα όμως δεδομένα είναι αδιαμφισβήτητα. Η πυρκαγιά κατέστρεψε το Κεντρικό Κτήριο με τέτοια ένταση, ώστε οι πήλινες πινακίδες του Αρχείου ψήθηκαν και μερικά πιθάρια των αποθηκευτικών χώρων έλειωσαν. Πριν την καταστροφή, η πόλη γύρω από το ανάκτορο εκτεινόταν επάνω και γύρω στους λόφους του Εγκλιανού σε μία περιοχή μήκους 1 χλμ., και ο πληθυσμός της έφθανε τις 3.000 περίπου. Η πόλη, όπως και το ανάκτορο, εγκαταλείφθηκε εντελώς. Τάφοι που χρησιμοποιούνταν επανειλημμένως επί γενεές παραμελήθηκαν. Η περιοχή του μυκηναϊκού βασιλείου της Πύλου παρέμεινε με ελάχιστο πλέον πληθυσμό για μία χιλιετία σχεδόν. Σε αντίθεση με τα σημαντικά ανάκτορα της Αργολίδας, όπως οι Μυκήνες και η Τίρυνθα, τα κατάλοιπα του ανακτόρου της Πύλου δεν αποτέλεσαν επίκεντρο λατρείας από τους Έλληνες των Ιστορικών χρόνων. Λιγοστοί τοίχοι που έστεκαν ακόμη αποτέλεσαν προσωρινό καταφύγιο για μικρές ομάδες κατατρεγμένων μετά την Εποχή του Χαλκού και μόνο μικρές ποσότητες κεραμικής εντοπίστηκαν, που χρονολογούνται πολύ υστερότερα, έως και τον -3ο αι. Αυτά όμως τα ερείπια, ήδη από τότε, δεν συνδέονταν πλέον με τα ονόματα του Νέστορα και της Πύλου.
